周恩来与马寅初的友谊，要从1938年说起。

1938年，马寅初从江西庐山举家搬迁到重庆。面对当时贪官污吏乘机大发国难财的状况，马寅初向立法院提出了为筹措抗战经费征收临时财产税的主张，以支持抗战。1939年5月，周恩来和王若飞在八路军重庆办事处会见了时任重庆大学商学院院长兼教授的马寅初。周恩来对马寅初提出的为抗战征收临时财产税的主张十分支持。这在后来不同场合以及文章中马寅初曾多次说：“以前是不与共产党一起的，1939年以后逐渐靠拢中国共产党，走向革命了。”马寅初被蒋介石幽禁后，周恩来多方奔走全力营救。并于1941年3月30日马寅初六十大寿这天，组织了一次声势浩大的祝寿活动。当天早上，周恩来、董必武、邓颖超送来了一幅巨大的对联以示声援。对联曰：桃李增华，坐帐无鹤；琴书作伴，支床有龟。这既是对马寅初教育成就的最大肯定，也是对国民党当局的无情揭露。

在周恩来等人的努力下，1942年8月，国民党当局被迫释放了马寅初，但不得教书，不许发表文章，在经济上断其生路。周恩来指示《新华日报》：“马寅初是一位经得起考验的爱国主义者，有骨气，有正义感，我们必须给予支持。”此后，马寅初被《中央日报》退回来的稿子都在《新华日报》上发表出来，并给予最高标准的稿酬，让马寅初终生难忘。新中国成立后，无论什么场合，只要一提起周恩来，马寅初总是情不自禁地说：“周总理是我的恩人，是我的好朋友。”

1957年，时任北京大学校长的马寅初在人民日报上发表了《新人口论》，提出了控制人口数量、提高人口质量的观点。文章发表后，遭到康生等人的指责，并煽动北大师生展开了一场声势浩大的批判运动。许多人劝马寅初放弃观点，写个检讨了事，但他坚持认为：“这不是一个政治问题，而是一个纯粹的学术问题，学术问题贵乎争辩，愈辩愈明，不宜一遇袭击，就抱‘明哲保身，退避三舍’的念头，相反，应知难而进……要坚持真理，即于个人私利甚至自己的宝贵性命有所不利，亦应担当一切后果。”

1959年夏，周恩来代表毛泽东、党中央找马寅初谈话，希望他进行检讨。马寅初却坚持自己是对的，拒绝检讨。拒绝周恩来后，马寅初觉得有所歉疚，便以《重申我的请求》为题撰文，发表在《新建设》杂志上发表，文中说：“我要对一位好朋友表示感忱，并道歉意。我在重庆受难的时候，他千方百计来营救我；我1949年自香港北上参政，也是应他电招而来。这些都使我感激不尽，如今还牢记在心。但是这次遇到了学术问题，我没有接受他的真心诚意的劝告，心中万分不愉快，因为我对我的理论有相当的把握，不能不坚持，学术的尊严不能不维护，只得拒绝检讨。希望我这位朋友仍然虚怀若谷，不要把我的拒绝视同抗命，则幸甚。”

1960年初，马寅初被迫辞去北大校长职务后，周恩来出面，将他安排到北京市政协东城区小组。

1972年，九十岁高龄的马寅初病重。马寅初的夫人为此请示国务院，周恩来说，应该尊重家属的意见，并让医院以后向他本人汇报诊治情况。之后，卫生部专门为马寅初组织了一个专家会诊小组。经过两次手术，马寅初转危为安。病愈后，马寅初常说：“周恩来是我的救命恩人，他两次救了我，一次是1942年，一次是1972年。”

周恩来逝世后，马寅初连续数日沉默不语。他不顾家人劝阻，坚持去北京医院参加周恩来遗体告别仪式。当见到周恩来的遗体时，马寅初老泪纵横，默默地鞠躬行礼。随后，他坐着轮椅，随着吊唁的人群绕遗体一圈后，仍然不肯离去，工作人员只能让马老再绕一圈。走出吊唁大厅后，他坚持要子女扶着他回来，向周恩来的遗体再次三鞠躬。